Reclus soutient la Commune de Paris, ce qui s'inscrit dans la continuité de ses engagements précédents. Reclus rejoint le corps des aérostiers mis en place par Nadar et prend part à la défense de Paris assiégé par les Prussiens. Le 4 avril 1871, lors de la sortie de Châtillon, Reclus est fait prisonnier par les Versaillais. Condamné le 15 novembre 1871 à une peine de déportation en Nouvelle Calédonie, Elisée est proscrit en mars 1872.
Il choisit alors de vivre en Suisse. Reclus fréquente les communards exilés à Genève et en particulier Jules Perrier. Cette société de communards est sous étroite surveillance. Le rapport de la préfecture de police sur Reclus du 2 février 1879 permet de suivre son action politique. Lors de ses conférences à Genève en 1875, il aborda avec violence les questions politiques et sociales. Ses conférences s'inspirent d'œuvres révolutionnaires dont "Esquisses historiques" de James Guillaume, membre actif de l'Internationale. Le 18 mars 1876, il participe à la manifestation de Lausanne qui célébrait l'anniversaire de la proclamation de la Commune.