Elisée choisit donc de s'exiler en Suisse, il y restera 18 ans pendant lesquels il affirmera sa tendance anarchiste et écrira une œuvre importante : La Nouvelle Géographie universelle et adhérera à la Fédération jurassienne et viendra en aide aux exilés : son exil en Suisse sera très actif.
Reclus s'installe près de Lugano, il est très vite rejoint par sa femme et ses enfants. Il négocie, avec les Editions Hachette, la publication d'une grande Géographie Universelle, composée de quinze volumes qu'il écrira en 15 ans. En 1875, il s'installe au bord du lac Léman après le décès de sa femme Fanny. Elisée retrouve Bakounine et se lie d'amitié avec Pierre Kropotkine.
Durant les années passées en Suisse, Elisée donne régulièrement des conférences, qui traitent aussi bien de thèmes géographiques que sujets politiques et sociaux. Il deviendra un véritable militant, portant à bout de bras une idéologie à laquelle il s'efforcera de donner cohérence. Le 18 mars 1876, lors d'une manifestation de commémoration de la Commune, il donne à Lausanne une conférence dans laquelle, pour la première fois, il utilise en public le mot "anarchiste" pour définir son orientation politique. Le nom d'Elisée Reclus est associé à 2 journaux dont les titres, "Le Travailleur" et "Le Révolté", évoquent bien sa personnalité.